1仕組みと動作原理
単一の skill ではなく、4つの skill からなるスイート（academic-paper 執筆 / academic-paper-reviewer 査読 / deep-research 研究 / academic-pipeline オーケストレーション）であり、全モードが1つの登録表（27 modes、信頼できる唯一の情報源）に集約されています。モード変更時は必ずこの登録表を最初に更新する必要があります。
MODE_REGISTRY.md
Single source of truth for all modes across the ARS suite. **27 modes** across 4 skills.
plugin.json の「4 skills, 27 modes, 39 prompt roles」および docs/ARCHITECTURE.md §9 の 8/11/6 内訳表と三者間で完全に一致しています（今回の項目別照合により確認済み）。
オーケストレーション層は意図的に「実作業を行わない」設計となっており、フェーズ検出、モード推薦、ディスパッチ、および状態追跡のみを担当し、実質的なタスクは他の3つの skill に委ねられます。
academic-pipeline/SKILL.md
It does not perform substantive work — it only detects stages, recommends modes, dispatches skills, manages transitions, and tracks state.
この自己規約こそが、10フェーズのステートマシン（査読コメントがある場合は直接 Stage 4 から開始するなどの中途参加を含む）を実現するための前提となっています。
執筆側では8段階のパイプラインを12の役割プロンプトに分割し、full モードでは v3.6.6 の generator-evaluator 4回呼び出し契約による物理的分離を採用しています。同一ロジックを4回のモデル呼び出しに分割することで、「原稿を先読みして評価基準を後から正当化する」事態を防止します。
academic-paper/SKILL.md
For each `academic-paper full` invocation, Phase 4 + Phase 6 expand from two single calls into four separate model calls.
付随する規律：システムプロンプトには不変のポリシードキュメントのみを配置し、動的な生成物はユーザーコンテンツのデータ区切り文字経由で渡されます（'- **System prompt carries invariant policy text only**'）。
整合性ゲートは強制であり、パイプラインを確実にブロックします。Stage 2.5 および Stage 4.5 では7モードの AI Research Failure Mode Checklist の実行が必須であり、SUSPECTED または重要モードでの INSUFFICIENT EVIDENCE が検出された場合は処理が遮断されます。
academic-pipeline/SKILL.md
If any of the 7 modes is `SUSPECTED`, or if Modes 1/3/5/6 are `INSUFFICIENT EVIDENCE`, the pipeline **blocks**
「ユーザーはいつでも一時停止できるが、整合性チェックのスキップは不可」という規則と対になっています: '⚠️ IRON RULE: User can pause or exit pipeline at any time (but cannot skip integrity checks)'。
査読側は5名のパネル（Journal-Fit + 査読者3名 + 固定の Devil's Advocate）で構成され、原稿の改変を禁じる読み取り専用の厳格な制約が課されています。
academic-paper-reviewer/SKILL.md
Reviewers MUST NOT modify the submitted manuscript.
Devil's Advocate（DA）が提示した CRITICAL な指摘は編集判断で明示的な裁定を下す必要があり、未解決のままでは暗黙の採択（Accept）がブロックされます（'a validated or genuinely unresolved one blocks silent Accept finalization'）。
執筆スコープはプロンプトの自律性に依存せず hook 層で強制されます。PreToolUse が Write/Edit/MultiEdit/Bash をインターセプトして Python ガードに判定を委ね、ガード失敗時はパススルーへフォールバックし、決して allow を出力しません。
hooks/run_guard.sh
# Canonical pass-through output: no permissionDecision => falls back to the normal permission # flow (NEVER emit "allow" — that would skip every other permission rule).
ガードは自らのインフラも保護します。INFRA_PROTECTED_GLOBS には hooks/hooks.json、hooks/*.sh、.claude-plugin/plugin.json が含まれ、コメントにもこれを無効化するとガードが無力化される旨が明記されています。
引用検証は4つのインデックス（Crossref / OpenAlex / arXiv / Semantic Scholar）に基づく決定論的な存在確認ゲートであり、結果はローカルにキャッシュされ、ユーザー自身の「読んだ」という申告と客観的証拠を明確に区別します。
docs/DATA_FLOWS.md
The deterministic citation-existence gate (#182) fires at the Stage 2.5 / 4.5 integrity gates or on standalone `verify_passport.py` / `verify_citation` calls, cache-through by default.
手動読了シグナルに関する原文の記述: 'This is a user statement, not independent evidence that a person read or understood the source.'（commands/ars-mark-read.md）
ネットワーク通信面は自己開示され、CI によって同期が強制されます。スクリプトへの直接ネットワーク import の追加やシェルへの curl 追加は、事前に DATA_FLOWS.md への登録が必須であり、未登録の場合は CI が失敗します。
docs/DATA_FLOWS.md
a script that gains a *direct* network import, or a shell script that gains a `curl`, fails CI until it has a row here.
同ファイルには明確な境界線が規定されています: '**Nothing here publishes.** No ARS component is designed to submit, post, or upload your work anywhere autonomously'、および '**The Claude session itself is not on this map.**'
デフォルトで自動実行される唯一の外部通信は、セッション開始時のバージョン確認のみです。上流の plugin.json を curl してバージョンを比較し、24時間キャッシュ、3秒タイムアウト、1フラグでの無効化、改ざん防止のバージョン文字列検証を備えています。
scripts/ars_update_check.sh
REMOTE_URL="${ARS_UPDATE_CHECK_REMOTE_URL:-https://raw.githubusercontent.com/Imbad0202/academic-research-skills/main/.claude-plugin/plugin.json}"
無効化スイッチ: `if [[ "${ARS_UPDATE_CHECK:-}" == "0" ]]; then`。announce スクリプトには compact/resume パスでは構造的に実行されない旨が明記されています（'compact/resume structurally never run it (no network mid-session)'）。
2コア機能
01エンドツーエンドの10段階オーケストレーション（研究→執筆→整合性→査読→改訂→再査読→再改訂→最終確認→確定）、中途開始および状態追跡に対応
02学術執筆11モード（full/plan/outline/revision/revision-coach/abstract/lit-review/format-convert/citation-check/disclosure/rebuttal-audit）、6種類の論文タイプ、5種類の引用フォーマット、日英バイリンガル要旨に対応
03多角的な査読6モード（full/re-review/quick/methodology-focus/guided/calibration）、「説得よりも証拠を優先する」3ゲート契約による再査読
04ディープリサーチ8モード（PRISMA システマティックレビュー、メタ分析（任意）、バイアスリスク評価［RoB 2 / ROBINS-I］、ハゲタカジャーナル判定を含む）
05決定論的な引用存在確認 + 90日間ローカルキャッシュ + 陳腐化警告/フル再実行スイッチ
06AI利用開示および投稿規程への適合（ICLR/NeurIPS/Nature/Science/ACL/EMNLP および ICMJE/NEJM/Lancet/JAMA を含む15のポリシー対象）
07非生成の厳格な境界を持つソクラテス式誘導モード：候補となる研究課題を自動生成せず、終了には明示的なフラグが必要
08監査可能な成果物チェーン：Material Passport、パネル provenance の再生検証、プロセス記録 PDF
3外部依存関係
| Kind | Dependency / Endpoint |
|---|---|
| api | Semantic Scholar Graph API（引文存在性校验，key 可选，无 key 也工作） |
| api | OpenAlex API（引文存在性校验，支持 polite email） |
| api | Crossref REST API（DOI 元数据/存在性） |
| api | arXiv API（预印本存在性，无 key，≥3s 节流） |
| api | 跨模型盲评（opt-in，需 env + 逐会话同意；评审卡与论文元数据会发往外部 provider） |
| network | 会话启动版本检查（默认开启，curl 上游 plugin.json，3s 超时，ARS_UPDATE_CHECK=0 关闭） |
| cli | python3（守卫、校验、引文客户端等 ~431 个脚本；README 称核心技能是 prompt-driven，python 仅守卫与少数 opt-in 命令可选） |
| cli | Pandoc / tectonic + Source Han Serif TC（DOCX / APA 7.0 PDF 输出，可选） |
| package | 开发依赖（pytest / yaml / jsonschema），CI 内 pip install |
4推奨統制措置と判定根拠
安全運用のための推奨統制措置
Agent 向け
段階的・都度認可、サンドボックス推奨
管理者向け
承認フロー、ロールバック可能、全履歴監査
判定根拠（ファイルパスと抜粋）
- scripts/: ローカルスクリプトまたはコマンドの実行: hooks/run_guard.sh（PreToolUse で自動トリガー）→ scripts/ars_write_scope_guard.py: Write/Edit/MultiEdit/Bash をインターセプト
- 网络端点: 外部ネットワークアクセスの宣言: デフォルトで自動実行: SessionStart における curl https://raw.githubusercontent.com/Imbad0202/academic-research-suite/...
- 本地工作目录: ファイル読み書きおよび成果物の出力: hook 層による執筆スコープ強制: PreToolUse がすべての Write/Edit/MultiEdit/Bash をインターセプトし、ars_write_scope_guard.py が判定
監査ノート： 判定根拠（6段階基準：認証情報/環境変数の読み取り、または外部パッケージへの依存があるためオレンジ区分）：① 複数の API 認証情報を実際に読み取る（S2_API_KEY、OPENALEX_API_KEY、CROSSREF_POLITE_EMAIL、OPENAI_API_KEY、GOOGLE_AI_API_KEY、ARS_OPENAI_COMPAT_API_KEY、OPENREVIEW_USERNAME/PASSWORD）。② 実際の外部ネットワーク送信が存在する（4つの学術インデックスエンドポイント、任意のマルチモデルプロバイダー［api.openai.com / generativelanguage.googleapis.com / 独自 base URL］、セッション開始時にデフォルト有効な上流アップデート確認の curl）。③ hook レベルでの自動実行および431本の Python スクリプトが存在し（リモートインストールではなくローカルリポジトリのコードを実行）、~/.cache/ars への書き込みを行い、執筆スコープはガードによって制約される。④ サプライチェーン面：CI は PyPI から dev 依存関係を取得し、任意で Pandoc/tectonic を使用する。緩和要因（判定区分は変更しないが明記が必要）：引用ゲートの4つのインデックスはすべて API キーなしで使用可能（キーは任意設定）；マルチモデル利用はオプトイン方式かつセッションごとの同意が必要；「Nothing here publishes」の原則に基づきネットワーク面は CI で登録同期が強制されている；執筆スコープには hook ガードとインフラ自己保護機能がある；査読側には信頼できない資料に関する明示的な条項がある。留意事項：Claude Code で有効化すると、SessionStart 時にネットワーク通信が発生し、PreToolUse 時にローカルの Python ガードが実行されます。未発表の原稿を扱う際は、マルチモデル利用オプションによるデータ国外転送リスクに留意してください。また、ライセンスは CC-BY-NC-4.0 であるため、商用利用には別途許諾が必要です。
5二重目の独立検証
- [ok] skill.path（任务表标『待定位』）；套件条目指向哪个具体 skill — 本条目展示名『Academic Research Skills』对应的是 4-skill 套件，仓库根无集合级 SKILL.md。skill.path 现指向套件编排器 academic-pipeline —— 它是 research→write→review→revise→finalize 全流程的入口与状态机（10 阶段、强制完整性闸门、passport 续航），也是 plugin.json 描述的『Contract-audited academic research pipeline』最直接的承载者。其余 3 个并列 skill 为：academic-paper（12-agent 写作流水线）、academic-paper-reviewer（5 席评审面板）、deep-research（13-agent 研究流水线）；另注意仓库内 skills/ 目录只有 4 个指向上述目录的符号链接，是给按 skills/ 查找的宿主用的发现 shim。本 JSON 的 caps/assets 覆盖全套件，evidence 逐条指向各自子目录。
- [discrepancy] official_desc 取哪一份（套件无集合级 frontmatter description） — 套件在仓库根没有集合级 SKILL.md/frontmatter description，因此官方描述有两个候选口径：代表 skill academic-pipeline 的 frontmatter description（逐字原文，含 10-stage 编排与多语触发词），或 .claude-plugin/plugin.json 的集合级 description（'Contract-audited academic research pipeline for Claude Code: research → write → review → revise → finalize. 4 skills, 27 modes, 39 prompt roles…'）。本条目 official_desc 采用前者（与 skill.path 指向的具体 skill 一致，满足『official_desc = SKILL.md frontmatter 原文』的取证规则）；集合级口径已逐字记入 internal_assets 的 academic-pipeline/SKILL.md 条目说明，不丢失信息。注意该 description 本身在源文件里就是长触发词清单（中/韩/西多语），属原文形态而非我方截断。
- [discrepancy] 13-agent 声称 vs agents/ 实际文件数 — deep-research/SKILL.md 写 '## Agent Team (13 Agents)'，而 deep-research/agents/ 实有 14 个文件（多出 timeline_extraction_agent.md）。docs/ARCHITECTURE.md §9 把它归入 v3.9.4 时间线校验咨询层（'v3.9.4 temporal verification advisory layer (M1 timeline_extraction_agent + M2 5-pass verifier at Phase 4→5 + M3 IRON RULE + M6 first-party Crossref/pdftotext)'），即新增角色未回填到 SKILL.md 的 Agent Team 表——属文档滞后，不是能力夸大。其余三个 skill 的声称数与文件数一致（12/7/5）。
- [ok] 『39 prompt roles』是否有据 — 权威源 scripts/model_tiering_manifest.json 的 agents 数组恰 39 条（每条 path+tier：judgment/execution），shared/model_tiering.md 标题 '## Classification table (39 agents; frozen 2026-07-11, #517)'，且 scripts/check_model_tiering.py 把该 manifest 与磁盘 *_agent.md、文档表三方钉死。磁盘 42 个 *_agent.md 中未被 manifest 收录的 3 个正是根 agents/（插件可见，model: inherit），与 plugin.json 自述一致。
- [ok] 『14 workflows』与仓库实际 — scout 记为低风险未核（只见到 13 个名字）；本人 ls .github/workflows 得 14 个 yml（changelog-covers-merges / command-invariants / defer-label-gate / eval-harness / freshness-check / harness-retirement-monthly / platform-port-reminder / pr-closes-issue / pytest / release-cooldown / repository-hygiene / spec-consistency / tag-version-match / test-count-monotonic），与 ARCHITECTURE 的 'all fourteen workflows' 相符。
- [discrepancy] 引文闸门有效性（README 暗示 vs 自评） — 仓库自己的材料承认未被测量：docs/RISK_REGISTER.md 写 '**Evidence status**: `NOT_RUN` (capability matrix row `retrieval.citation_existence_gate`)' 与 '**Residual gap**: no measured hallucinated-citation catch rate'；examples/showcase/README.md 更自曝 'a manual WebSearch audit of all 68 references revealed 21 issues (31%) that survived three rounds of automated integrity checking'。因此本 JSON 只陈述机制存在，不背书其检出率——这属『实现真实、效果未证』。
- [discrepancy] 校准模式是否可用于线上评审 — academic-paper-reviewer/SKILL.md 自认 'a target-specific candidate measured profile labelled `application_status: NOT_WIRED_TO_LIVE_REVIEW`'，且线上评审与 Schema 6 包声明 NOT_CALIBRATED。若 README/宣传让人以为面板已校准，应以 SKILL.md 为准。
- [ok] 反注入条款的覆盖面 — 复核确认：仅 academic-paper-reviewer 及 shared/ground_truth_isolation_pattern.md 有显式条款（后者自认 'This is a guidance principle, not a runtime gate.'）；academic-paper / deep-research / academic-pipeline 三目录 grep injection|untrusted 零命中。已在 security.injection_surface 中按这一实况书写，未把评审侧的防线推广成整套件的能力。
6結論
最適な用途： 適しているケース：投稿可能な原稿作成を必要とする研究者・大学院生（日英バイリンガル執筆および投稿時開示プロセスを含む）、システマティックレビュー（PRISMA + RoB）の再現を目指す研究チーム、および「AI生成物の信頼性」を重要課題と位置づけ、ゲート管理や監査証跡のためのプロセス負荷を許容できる組織・研究機関。「長大なワークフローを契約と評価を備えた skill スイートとして構築する」ためのエンジニアリング規範としても適しています。Claude Code 環境下で最も完全な体験（hook による執筆スコープ強制および16個のスラッシュコマンド）が得られます。
不向きな用途： 適していないケース：① 短文の推敲やブログの1章程度の執筆のみを目的とする軽量ユーザー（機能過多）；② デフォルトの外部通信が一切許可されないエアギャップ/完全閉域網環境；③ 商用のプロプライエタリな再配布（ライセンス: CC-BY-NC-4.0）；④ Node/Claude Code が存在せず、hook レベルでの執筆スコープ強制を必要とする環境（Pi 環境ではプロンプトレベルに退行）；⑤「ワンクリックで信頼性の高い論文が出力される」ことを期待するユーザー（リポジトリ自身の showcase でも自動整合性チェックの検出漏れが実証されており、人間による査読・確認は省略不可）。
Install Agent-Ready
① Verified Mirror 2026-09-15
Option A · Direct DownloadDownload academic-research-skills.tar.gz
sha256:
Option B · Copy Guide for Agentc34ec0b645ba9a32…Agent はこの JSON ガイドから自動的にダウンロードして検証します。
② Upstream GitHub
GitHub Repo ↗
Pinned to commit 7e019f5b25.